Výkonná rada
Výkonná rada agentúry je orgánom vykonávajúcim zásadné rozhodovanie vo veciach akreditácií formou uznesení a tiež schvaľuje základné dokumenty. Jej zloženie priamo ovplyvňujú reprezentácie vysokých škôl priamou nomináciou a predstavitelia zamestnávateľských združení. Menuje ich minister školstva.
Predseda výkonnej rady je štatutárnym zástupcom a je vyberaný výberovým konaním.
Predseda výkonnej rady
prof. Ing. Robert Redhammer, CSc.
Podpredseda výkonnej rady
prof. RNDr. René Matlovič, PhD.
Členovia výkonnej rady
MUDr. Ljuba Bachárová, DrSc., MBA
prof. RNDr. František Kačík, DrSc.
Ing. Viliam Kupec, PhD.
Mgr. art. Bálint Lovász
prof. PaedDr. Vladimír Patráš, CSc.
prof. MUDr. Iveta Šimková, CSc.
prof. JUDr. Ivan Šimovček, CSc.
Uznesenia výkonnej rady agentúry
Vedúci kancelárie
Vedúci kancelárie je v zmysle zákona orgánom agentúry, zabezpečuje riadny chod agentúry, t. j. zabezpečuje administratívne, technické, priestorové a materiálne podmienky pre činnosť agentúry.
Ing. Dušan Faktor, PhD.
Odvolacia komisia
Členovia komisie agentúry pre posudzovanie námietok:
Dr. h. c. prof. Ing. Rudolf Sivák, PhD.
JUDr. Peter Štrpka, PhD.
Mgr. Igor Schweizer
Mgr. Michal Řehák
prof. Ing. Peter Demeč, CSc.
Náhradníci:
prof. JUDr. Margita Prokeinová, PhD.
prof. RNDr. Jozef Hvorecký, PhD.
Kontrolór
Ing. Zora Dobríková